La Unidad de Estudios Clínicos desarrolla permanentemente protocolos de ensayos clínicos patrocinados por empresas farmacéuticas. Cuentan con la participación del staff científico de la FOSCAL y la colaboración de un equipo conformado por coordinadoras de estudios, bacteriólogas y químicos farmacéuticos. Actualmente se desarrollan estudios en medicina interna, cardiología, gastroenterología, nefrología, pediatría, endocrinología, oncología, urología, hematología, infectología y oftalmología.